Несмотря на то что в понимании большинства людей слова кофта и кафтан считаются родственными и, возможно, даже возникли внутри одного языка, лингвисты ставят их родство под сомнение или же делают оговорку, что среди этимологов единого мнения нет. Известно точно одно: слово кафтан не происходит от слова кофта.
Слово кофта встречается (помимо русского) в украинском, белорусском и польском. При этом в шведском языке есть слово kofta, в датском – kofte, в норвежском – kufta, kufte. Все эти слова означают несколько разные вещи, но все они являются названиями одежды. На этом основании многие лингвисты склонны рассматривать слово кофта как германское заимствование.
Слово кафтан является тюркским заимствованием, из тур. kaftan, далее от перс. خفتان(xaftân) «кафтан». Этим словом изначально обозначалась длинная восточная одежда из парчи или шёлка с длинными рукавами. Слово распространилось не только на Востоке (ср. араб. قفطان, qafṭān), но и вошло в европейские языки: англ. kaftan, нем. Kaftan, фр. caftan, польск., чешск. kaftan.
Одна из версий появления в германских языках аналогов слова кофта связывает его как раз с тюркским словом, однако эта версия далеко не единственная. Одни ссылаются на перс., тур. kuftar «ткань» в качестве источника, другие ищут аналоги в германских языках (что менее вероятно). Если предположить, что родство всё же существует, то следует считать его очень давним.